تاکنون روش‌های محاسباتی بسیاری برای حل مسائل شیمی ابداع شده است. این روش‌ها از قوانین مکانیک کوانتوم، مکانیک کلاسیک و یا ترکیبی از آنها برای حل مسائل استفاده می‌کنند. انتخاب روش مناسب برای انجام محاسبات به نوع و بزرگی ساختار مورد مطالعه و همچنین نوع اطلاعاتی که مورد نیاز است بستگی دارد. اغلب این روش‌ها را می‌توان به صورت زیر طبقه‌بندی کرد:
روش‌های شیمی محاسباتی
روش‌های مکانیک مولکولی
روش‌های ساختار الکترونی
روش‌های نیمه تجربی
روش‌های از آغاز
روش‌های نظریه تابع تابع
روش‌های شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کوانتومی
روش بورن اپنهایمر
دانلود کتاب محاسبات مکانیک مولکولی و کوانتمی(زبان اصلی)